阿巴嘎旗蒙医医院是该旗唯一一所民族医院，成立于1989年，是一所二级乙等民族医院。占地总面积8636平方米，建筑总面积6213平方米,全院现有在职工68名，其中正式职工42名，临时工26名，卫生专业技术人员63名，全院现有中医主任医师1名，蒙医副主任医师4名，西医副主任医师1名，蒙医主治医师8名，蒙医医师4名，西医主治医师1名，西医医师2名，副主任护师1名，主管护师3名，护师3，蒙药主管药师1名，蒙药师5名，西药剂师1名，现有床位60张，内设蒙医内科、五疗科、药浴室、策格专科、治未病科、中医科、检验科、功能科、急诊科、护理部、蒙药房、西药房等科室。